Myôshin-ji 妙心寺 ble først bygd som en villa for keiseren Hanazono 花園 (regj. 1308-1318), og deretter omgjort til et tempel da han trakk seg tilbake. I dag er templet hovedkvarter for en gren av Rinzai Zen 臨淯禅. Myôshin-ji er ikke ett enkelt tempel, men et tempelkompleks som består av i alt 49 templer, hver enkelt med sin egen bygninger, hage og abbed. De fleste av disse undertemplene er blitt tilført templet som gave fra samurai-familier. I midten står Hondô 本堂, hovedtemplet med en buddha, flankert av sine to medhjelpere (bildet til venstre). Undertemplene har også en del andre bygninger felles, men i det daglige steller hvert enkelt tempel seg selv. Mange av dem inneholder rike religiøse kulturskatter fra det 16. og 17. århundret.

Tre av de 49 templene er åpne for publikum. Det viktigste (og mest severdige) av dem, er Taizo-in 退蔵院. Det ble grunnlagt av Hatano Shigemichi, en daimyô 大明 (fyrste) fra provinsen Izumo, som sluttet seg til den buddhistisk lære i 1404. Taizo-in er det eldste blant undertemplene til Myoshin-ji. Abbed Kinen Zenryu reetablerte Taizo-in og ble en hengitt buddhist etter å ha blitt omvendt av keiser Gonara. Keiseren ga ham tittelen Shyoten Sokan. Taizo-in har flere malte bilder med motiver fra kinesisk buddhisme som regnes for nasjonale kulturskatter.

Det mest severdige ved Taizo-in, er dens hage-anlegg med to små steinhager og en større grønn hage med en elv og fossefall 滝 i miniatyr. Steinhagen ble planlagt og bygget av Kanô Motonobu 狩野元信, en berømt maler i Muromachi-perioden. Han brukte 20 meter høye trær, en bambuslund og mange steiner av ulik størrelse og form. Blant disse steinene som er omgitt av busker, bygget han en liten elv med et fossefall, et lite basseng for å rense kropp og sjel, samt steiner for å markere øyer i eller broer over vannet. Derved skapte han et miniatyrlignende landskap som reflekterer den elegante form for tilbaketrekning fra livet som ofte preger zen-templer. Denne hagen regnes for å være den vakreste og mest berømte i Myôshin-ji.

De andre to templene som er åpne for publikum, er Daishin-in, et tempel med en liten steinhage der en serie flate steiner deler steinhagen i to deler parallelt med verandaen foran meditasjonshallen, og Keishun-in, et tempel som er særlig kjent for sin tobi-ishi 飛石, en rekke flate steiner som danner en sti frem til en port av bambus som leder inn i steinhagen. Sistnevnte er et Rinzai-zen tempel og hører til sekten Tokai 東海, bygget av presten Keinan. Templet er ganske typisk for undertemplene ved Myoshin-ji, og består av et hondô 本堂 (et rom for munkenes meditasjon og tilbedelse), cha-shitsu 茶室 (rom for å drikke te), sho-in (rom for studier). De såkalte fusuma-e 襖絵 (maleriene på skyvedørene) er malt av Kanô Sansui i Edo-perioden. Templet har tre hager, alle laget med elegant enkelhet og for å få frem stedets naturlige skjønnhet.